咽异感症的病因有很多，第一我们要排除器质性疾病。所谓“器质性疾病”简单的说就是身体的器官或组织真的出了问题；相对应的是“功能性疾病”，就是支配器官的神经系统的失调引起，组织结构不发生改变，病情轻微，一般不会导致严重后果。
咽异感症的器质性疾病：
一、全身疾病
全身疾病以代谢、内分泌疾病，如维生素缺乏症，缺铁性贫血，甲状腺亢进或减退，更年期综合症，重症肌无力，皮肌炎。
二、邻近器官的疾病
包括鼻部疾病，喉部，颈部，甲状腺，食管疾病。如鼻炎，鼻窦炎，鼻后漏综合症。喉部疾病如喉上神经炎，风湿性环杓关节炎，会厌囊肿，会厌形态异常，喉软骨膜炎，血管神经性喉炎，环咽肌及咽下缩肌痉挛等。
反流性食管炎，食管痉挛，憩室，失弛缓症，早期的食管恶性肿瘤，外伤性食管炎，贲门痉挛，横膈裂孔疝等。颈部肿块，瘘管，淋巴结炎，颈症候群，舌咽神经痛，颈动脉炎。甲舌囊肿，甲状腺炎，甲机状腺能亢进或减退，甲状腺肿瘤。以及其他如牙病，耳病。因为咽异感症可能是咽喉部，食管肿瘤的早期表现，甚至是惟一感觉，不能因为无进食梗阻而忽略检查。
三、远处器官
远处器官还包括胃十二指肠炎，溃疡，胃恶性肿瘤，幽门痉挛，胆道蛔虫症，胆石症，左心扩大，高血压性心脏病，心包炎伴积液，主动脉瘤，气管、支气管炎，肺部肿瘤。屈光不正。对于这些疾病耳鼻喉科医生较少重视。
四、局部因素
如各种咽炎，包括粉尘性，化学性咽炎，扁桃体炎，扁桃体结石，息肉，角化，囊肿，疤痕以及脓肿，舌扁桃体炎，悬雍垂过长，鼻咽，口咽，喉咽的异物，疤痕，肿瘤，舌根部静脉曲张，囊肿，肿瘤，茎突综合症，咽部憩室等，这些通过咽部检查包括间接镜或电子喉镜的检查常可发现，但对早期的舌根肿瘤，扁桃体恶性肿瘤，茎突过长，只做视诊常不易发现，可改用触诊，可感到局部硬感觉。
最后一大类是精神因素和功能性疾病：就是咽喉，气管，食管和颈部等均排除了器质性疾病，仍有咽部异常感觉。主要由大脑功能失调引起，常伴有焦虑，急躁，紧张情绪或恐癌症。
如患者亲属，邻居中患有各种肿瘤，如喉癌，食管癌，鼻咽癌，淋巴瘤等，有人就感觉自己是不是同样也可能生肿瘤了，可感觉咽部持续有异物感，部位可游走不定，全身和局部检查无任何异常病变。另一类是神经官能症和精神疾病的患者，可有明显焦虑倾向，精神萎靡，情绪低落，多数伴有睡眠障碍。
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